Alors qu'ils devaient arriver vers Gaza, les bateaux qui composent la flottille ont été interceptés par Israël jeudi 2 octobre.
Le même jour, une manifestation pour soutenir cette opération était organisée à Genève, mais celle-ci s'est mal terminée.
« Une manifestation non autorisée en soutien à la flottille pour Gaza a rassemblé quelque 3’000 personnes, rejointes par 150 black blocs qui se sont insérés au départ du cortège, sur la place Lise-Girardin, indiquent les forces de police. Les manifestants ont fait usage d’engins pyrotechniques et mis le feu à des pneus avant la mise en mouvement de la procession. Parvenue au pont du Mont-Blanc, avec à sa tête une bâche renforcée tenue par des black blocs, celle-ci a tenté de franchir le dispositif policier visant à empêcher l’accès aux Rues Basses, malgré les injonctions des forces de l’ordre. »
Lors de ces affrontements, cinq policiers ont été blessés. Un manifestant a été interpellé et une enquête est en cours afin d'identifier les autres protagonistes.
