Après la mise à l'enquête des mesures de protection contre les vibrations et le bruit, des riverains ont signalé leur mécontentement auprès de l'Office fédéral des transports. Une fois saisi, cet office doit rendre sa décision, qui peut ensuite être contestée devant le Tribunal administratif fédéral et en dernière instance devant le Tribunal fédéral. Actuellement, 80% du chantier genevois du RER transfrontalier a été réalisé. La direction du projet CEVA, se veut toutefois rassurante en indiquant que le délai de fin 2019 est toujours tenable, malgré la menace.